Я решил рассмотреть проблему «замусоренности» кода не с позиции профессионализма или красоты (пеньку понятно, что чем красивее код, тем больше ваш уровень как специалиста), а с позиции посещаемости сайта, но для начала поясню, что я подразумеваю под понятием чистый код.

1. Все стили вынесены в файл
2. Со скриптами ситуация сложнее, но по возможности тоже в один файл.
3. Скажем нет формированию отступов через  
4. Таблицы хороши в меру. Если у вас есть хотя бы одна вложенная таблица – это серьезный повод задуматься.
5. Чем меньше контейнеров тем лучше.
6. Использование селекторов CSS здорово улучшает код.
7. Использование CSS, вообще, здорово улучшает код

Если ваша страница быстро и легко грузиться, если ваш код легко читается и также легко угадывается общая структура, то у вас чистый код. Теперь посмотрим как он влияет на позиции в поисковиках.

Во-первых, не каждый поисковик будет индексировать всякий там хлам. Оптимально для любого поисковика - 100 кб. Вот цитата с Рамблера

Максимальный размер документа для роботов Рамблера составляет 200 килобайт. Документы большего размера усекаются до указанной величины. Впрочем, размещать в Сети документы такого размера без особой на то необходимости - все равно дурной тон; мы рекомендуем в любом случае ограничивать объем документа разумными рамками.

Во-вторых динамический код индексирует только Yandex, Google и Rambler наказывать за это не будут, но и индексировать тоже.

Третье чем легче код, тем больше робот «пережует страниц» за сессию.

Не верите мне? Сейчас докажу.
Как часто вы, набирая в поисковике какой-либо запрос, попадали на форумную страницу для печати? Уверен частенько. А все потому, что если вы перейдете на стандартную версию, то увидите «там грязный» код и кучу вложенных таблиц. Страница для печати более релевантна и потому выше в выдаче. (если она не запрещена для индексации)

И разумеется не забывайте, что если вас сайт на первой позиции в Яндексе, но грузится при этом по 5-10 минут, и имеет развалившееся страницы , то посетитель слиняет от вас и никогда больше не вернется.